El Instituto Nacional de Gestión Sanitaria (INGESA) tiene encomendada la gestión de la prestación de asistencia sanitarias de la Seguridad Social en las ciudades de Ceuta y Melilla. Mediante el RD 840/2002 el INGESA sustituyó al Instituto Nacional de la Salud (INSALUD), conservando el régimen jurídico, económico, presupuestario y patrimonial y la misma personalidad jurídica y naturaleza gestora de la Seguridad Social. Esta adscrito al Ministerio de Sanidad y Consumo a través de la Dirección General de Cohesión del Sistema Nacional de Salud y Alta Inspección (R.D. 1555/2004) cuyo titular ostenta la Presidencia del Organismo.
El Real Decreto 1746/2003 establece que en las ciudades de Ceuta y Melilla, la dirección y gestión del Instituto Nacional de Gestión Sanitaria se realizará a través de las Direcciones Territoriales.
La gestión de los servicios sanitarios se efectua por la Gerencia Única de Atención Sanitaria del Area de Salud de Melilla, la cual depende de la Dirección Territorial, sin perjuicio de la relación funcional con los Servicios Centrales del INGESA. Esto se llevará a cabo en los Centros de Salud de la ciudad en cuanto a Atención Primaria se refiere, y en el Hospital Comarcal para Atención Especializada. Además, también cuenta con varias Unidades de Apoyo como son la Unidad de Salud Mental, Unidad de Atención a la Mujer, la Unidad de Salud Bucodental y la Unidad de Fisioterapia.